Это и вызвало, замечает Абеляр, его бедствия: чем шире распространялась его слава, тем сильнее разгоралась зависть к нему со стороны его соперников.
Постепенно учителя, отделяясь от церковных и монастырских властей, стали создавать свои корпорации — университеты. Сам термин "университет" (universitas) означал первоначально всякое объединение людей, связанных общими интересами и имеющих особый правовой статус. Только с конца XIV века его стали использовать применительно к академической корпорации. Средневековое обозначение высшего учебного заведения studium generale (впервые засвидетельствованное в 1237 году) прилагалось к школе, пользовавшейся широкой известностью, привлекавшей учеников издалека и способной обеспечить не только преподавание "семи свободных искусств", но и, по крайней мере, одной специальной дисциплины: гражданского или канонического права, богословия и медицины. Одни из этих школ признавали университетами по обычаю (ex consuetudine) как учебные заведения, постепенно сложившиеся и приобретшие известность, другие — в результате пожалования привилегии папой, императором и, в редких случаях, королем. Две привилегии связывались в представлении современников с университетами начиная с XIII века: клирики, обучавшиеся в них богословию, сохраняли на пять лет свои церковные доходы (бенефиции); окончившие университет получали право преподавать в любой школе (jus ubique docendi).
Средневековые университеты возникают с XII века в непосредственной связи с урбанизацией западноевропейского общества. Это было принципиально новое явление европейской социальной и культурной жизни, не связанное преемственно ни с античными высшими учебными заведениями, ни с Константинопольской высшей школой (функционировавшей с перерывами с 425 до 1453 года).
Салернская медицинская школа, существовавшая со второй половины X века, не была университетом, так как она не создала корпоративной организации.
Древнейшие университеты в полном смысле средневекового термина — Парижский, отличавшийся в сфере богословия, и Болонский, прославившийся преподаванием права. Формировавшиеся одновременно, они вместе с тем существенно отличались по своему внутреннему устройству, олицетворяя два основных типа университетов средневековья. Университет в Болонье (и в Падуе) представлял собой студенческую организацию, возникшую для защиты интересов приезжавших в город студентов-правоведов. С середины XIII века здесь существовали две конфедерации: universitas citramontanorum — гильдия учащихся из Италии и universitas ultramontanorum — гильдия, объединявшая приезжих из неитальянских государств. Болонские студенты не входили в эти гильдии. Несмотря на протесты преподавателей и городских властей, студенческие гильдии постепенно присвоили себе руководство всей университетской жизнью. Преподаватели не только не могли голосовать на университетских собраниях, но самый учебный процесс протекал под строжайшим надзором студенческих властей, и за нарушение его профессора подвергались штрафам. Такая система отнюдь не представляла собой демократической организации, ибо власть находилась в руках немногочисленных долгосрочных должностных лиц (ректоры и consiliarii).
Парижский университет, напротив, сложился как организация преподавателей. По мнению А. Кобна, одной из существенных причин этого является количественное преобладание в Париже подготовительного факультета искусств, студенты которого были более молодыми и менее зрелыми, нежели болонские правоведы — люди подчас тридцатилетнего возраста с большим жизненным опытом. В отличие от болонских конфедераций парижские "нации" факультета искусств (их было четыре: французская, пикардийская, нормандская и англо-германская) объединяли преподавателей, начиная с магистра, тогда как студенты не могли ни голосовать, ни участвовать в дискуссиях на университетских собраниях. "Старшие" факультеты (богословия, права и медицины) не подразделялись на "нации", но учившиеся на них магистры искусств примыкали к своим "нациям", пока не получали докторской степени, дававшей им право стать членами старшего факультета. В отличие от Болоньи парижские "нации" объединяли не только приезжих преподавателей, но и местных. Проректоры — руководители парижских "наций" — обладали большой властью, но то обстоятельство, что они часто сменялись и были ответственны перед собранием "нации", придавало парижским преподавательским гильдиям демократический оттенок.
Некоторые итальянские университеты (в Пизе, Флоренции, Павии и др.) представляли собой переходные формы, здесь власть была разделена между студентами, преподавателями и муниципальными властями; участие студентов в управлении было закреплено уставами также ряда испанских университетов; в нескольких южнофранцузских университетах (в Монпелье, Анжере, Орлеане) студенты в борьбе против церковных властей действовали в альянсе с профессурой.
По парижскому типу строились северные университеты: Оксфорд, в частности, перенял в общем парижскую систему организации. Основное отличие состояло в том, что Оксфорд, как и Кембридж, возник не в епископальном городе, и соответственно его подчинение епископальным властям было гораздо менее угрожающим, чем во французских университетах. История Парижского университета — в сущности, история его борьбы за освобождение из-под власти епископа и за ограничение прав епископского канцлера, контролировавшего деятельность университета и, в частности, выдачу дипломов. Напротив, оксфордский канцлер рано перестал быть епископским должностным лицом, его избирали преподаватели, а епископу принадлежало лишь право утверждения. К концу XIV века Оксфорд полностью освободился от епископской юрисдикции. Выборное лицо университетских преподавателей — канцлер — в Оксфорде обладал широкими правами, сосредоточивая в своих руках духовную, гражданскую и уголовную юрисдикцию.